Разграбление Бухары. С самого начала армия завоевателя была разделена на две части: одной командовал второй сын Чингисхана — Чагатай, направлявший свой удар против защитников Хорезмской империи на севере; вторую возглавил старший сын — Джучи. Его основной целью было завоевание Сыгнака и Дженда. Против воинов Джучи Мухаммед выслал армию в четыреста тысяч человек. И эта огромная армия потерпела поражение. По словам очевидцев, на поле боя осталось сто шестьдесят тысяч мертвых хорезмийцев. С остатками своего войска Мухаммед бежал в Самарканд. Тем временем Чагатай спустился к устью Сырдарьи (в то время — Яксарт), прошел Тарс и осадил Отрар, город, где правил человек, оскорбивший достоинство Чингисхана. После пятимесячной осады крепость была взята штурмом. Все окружение правителя города и его самого казнили, а город после грабежа сровняли с землей. В это время третья армия Чингисхана окружила и взяла штурмом Ходжент, тоже расположенный на Яксарте. Четвертая армия, возглавляемая самим Чингисханом и его младшим сыном Тули, подходила к Бухаре. Ташкент и Нур сдались без боя. После короткой осады и Бухара попала в руки монголов. Войдя в захваченный город, Чингисхан поднялся по ступенькам главного минарета и оттуда прокричал своим воинам: «Сено скошено, дайте лошадям поесть». Дважды повторять не пришлось. Город был разграблен, а жители подверглись величайшим насилиям или бежали, те, кому это удалось. Жажда мести, охватившая Чингисхана, была утолена только тогда, когда город разрушили и спалили дотла. После ухода последнего монгола лишь высокий минарет да единственный дворец свидетельствовали о том, что когда-то здесь был «центр всех наук».
Оставив Бухару в руинах, Чингисхан по долине Согдианы направился к Самарканду. Предатели открыли ему ворота и без боя сдали город. Так же поступили и в городе Балхе. Но ни в том, ни в другом случае добровольная сдача не спасла жителей города от насилия и грабежа. Дальше Самарканда Чингисхан не пошел, но отправил Тули с семидесятитысячной армией взять Хоросан, а два летучих отряда во главе с Джебе и Субедеем-багатуром преследовали Мухаммеда, который скрылся в Нишапуре. Проигравший войну и не имеющий поддержки Мухаммед бежал к Каспийскому морю, где в прибрежной деревушке Астара и умер от приступа пневмонии, передав власть своему сыну Джелал-ад-Дину. Тем временем Тули вместе со своим войском вошел в провинцию Хоросан и взял штурмом Нессу, после чего появился перед крепостными стенами Мерва. Воспользовавшись изменой жителей города, монголы захватили его и по свойственной им манере разграбили и сожгли город. Из Мерва Тули отправился в Нишапур, где столкнулся с чрезвычайно упорным сопротивлением. Четыре дня жители отчаянно сражались на стенах и улицах города, но силы были неравные; город был взят, и, за исключением четырехсот ремесленников, оставленных в живых и отправленных в Монголию, остальные мужчины, женщины и дети были зверски убиты. Герат избежал судьбы Мерва и Нишапура, открыв свои ворота монголам. На этом этапе своего продвижения по городам Азии Тули получил приказ от отца присоединиться к его армии в Бадахшане. Чингисхан собирался после небольшого перерыва, во время которого он захватил Газни, возобновить преследование Джелал-ад-Дина. Получив подкрепление, Чингисхан настиг Джелал-ад-Дина, который со своими турками укрепился на берегу реки Инд. Хотя войска Чингисхана сильно превосходили армию Джелал-ад-Дина по численности, турки фанатично защищались. Только когда монголы разгромили их наголову, фактически уничтожив почти всех, оставшиеся в живых в смятении бежали. Джелал-ад-Дин, видя, что битва проиграна, вскочил на свежего коня, погнал его к реке недалеко от поля битвы и бросился в воду. С восхищением смотрел Чингисхан на этот отчаянный поступок своего врага и без сожаления увидел, как вынырнувший всадник выбрался на противоположный берег. Некоторое время спустя Чингисхан снова пошел по следам Джелал-ад-Дина, бежавшего на этот раз в Дели, но, поняв, что тот неуловим, монголы вернулись в Газни, по дороге опустошив провинции Лахор, Пешавар и Меликпур. Здесь Чингисхану сообщили о том, что жители Герата свергли правителя, которого назначил Тули, и на его место поставили своего человека. Чтобы подавить восстание, Чингисхан отправил армию в восемьдесят тысяч человек. После шестимесячной осады Герат был взят. Целую неделю не прекращались убийства, пожары и грабежи. По свидетельству очевидцев, 1 600 000 человек были замурованы в стены города. Отомстив, Чингисхан вернулся в Монголию через Балх, Бухару и Самарканд.
Появление в Европе. Пока происходили эти события, Джебе и Субедей-багатур со своими отрядами прошли через Азербайджан и весной 1222 года вторглись в Грузию. Здесь они разбили объединенные силы лезгинов, черкесов и кипчаков и пошли на Астрахань, преследуя остатки кипчаков вдоль Дона. Монголы разгромили и половцев, которые бежали на Русь. Русские князья были встревожены появлением загадочного врага. Однако Мстиславу, князю Галицкому, удалось уговорить их собрать на берегу Днепра объединенную армию. Здесь он и встретил посланцев из монгольского лагеря. Даже не выслушав их, Мстислав казнил посланцев. Монголы ответили на это событие такими словами: «Вы хотели войны, вы ее получите. Мы не причинили до этого вам никакого вреда. Бог беспристрастен, он рассудит нас». В первой же битве у реки Калка славяне были полностью разбиты, и остатки армии бежали от победителей, а те, опустошив Волжско-Камскую Болгарию, удовлетворенные добычей, вернулись по реке Ахтуб в Среднюю Азию, где и соединились с основной армией монголов.